La vegetación natural ha sufrido las consecuencias de la explotación económica de las tierras desde la época de la colonia. Estuvo representada por bosques perennifolios y semicaducifolios, y por sabanas; sin embargo, el desarrollo de la ganadería y de la industria azucarera dieron lugar a la destrucción casi total de los bosques, y hoy es uno de los municipios con más bajo índice de territorio con cobertura forestal. La casi totalidad de las tierras están ocupadas por cañaverales u otros cultivos y por vegetación herbácea en áreas dedicadas a la ganadería.
Con el paso del tiempo, este ecosistema ha recibido un gran impacto negativo, agravado por la contaminación y el uso de la cuenca, lo que ha dado lugar a:
- Disminución de la diversidad biológica
- Variación de la composición de las poblaciones
- Modificación y/o destrucción de hábitat
- Destrucción de las lagunas, esteros, marismas y manglar
- Vertimiento de residuos domésticos e industriales al mar
- Modificación de la línea de costa
- Disminución de la calidad del agua
- Aumento de la salinidad en las lagunas
- Modificación de la estructura y dinámica regenerativa del manglar
- Modificación del relieve y características Biomorfológicas del suelo
- Pérdida acelerada del espacio habitable
- Deforestación
- Cambios de las corrientes internas de los esteros.